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Detectan nuevos virus en las aves de corral a través del uso de la metagenómica

La metagenómica es una novedosa técnica empleada en microbiología para secuenciar genoma sin necesidad de detectar ni cultivar los microorganismos

17-05-2012 por ARS / Sandra Avant Un equipo de científicos del ARS de los Estados Unidos ha empleado esta novedosa técnica de detección de virus patógenos en pavos y otras aves de corral. La metagenómica permite analiza globalmente el genoma procedente de comunidades enteras de microorganismos, en este caso virus presentes en aves, sin necesidad de identificarlos ni de aislar el ADN de cada uno de ellos

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Como parte de una búsqueda para descubrir mejores maneras de controlar las enfermedades entéricas virales en las aves, científicos del Servicio de Investigación Agrícola (ARS) de los Estados Unidos han detectado muchos virus, incluyendo algunos hasta ahora desconocidos en las aves de corral, con la utilización de una nueva herramienta poderosa llamada la metagenómica.

 

Cada año, enfermedades tales como el síndrome de mortalidad de pavipollos por enteritis, el complejo de enteritis del pavipollo, y el síndrome de crecimiento retardado causan diarrea en los pavos y las aves de corral, llevando a reducciones en el peso, la muerte, y aumentos en los costos de producción de las aves. Algunos de los virus se han asociado con las enfermedades entéricas o intestinales, pero no se ha encontrado ningún solo agente causativo.

A diferencia de la secuenciación tradicional que caracteriza los genes en un solo organismo, la metagenómica detecta el ácido nucleico de miles de organismos en una comunidad entera. Usando esta técnica, Laszlo Zsak, quien es líder de la Unidad de Investigación de Enfermedades Endémicas Virales de Aves de Corral en el Centro del Sudeste para Investigación de Aves de Corral mantenido por el ARS en Athens, Georgia, descubrió un nuevo virus que podría tener un papel en tratamientos antimicrobianos en el futuro.

Zsak y el microbiólogo Michael Day, quien también trabaja en el laboratorio del ARS en Athens, descubrieron una secuencia corta del ADN del nuevo virus descubierto y diseñaron una técnica para secuenciar su genoma completo. El virus, llamado "phiCA82", es un tipo de virus que naturalmente mata las bacterias y es miembro de un grupo conocido con "micrófagos" o "fagos", los cuales podrían ser usados como alternativas al uso de antibióticos y como herramientas para combatir a los patógenos que tienen resistencia a múltiples medicamentos.

En el estudio, los científicos extrajeron y analizaron el ácido nucleico de muestras intestinales colectadas en EE.UU. de bandadas comerciales de aves de corral infectadas con enfermedades entéricas. Además del novedoso fago , los investigadores detectaron algunos virus comunes en las aves de corral, tales como astrovirus, reovirus, rotavirus, y virus de la familia Picornaviridae. Sin embargo, los investigadores también descubrieron algunos virus previamente no conocidos en los pavos, tales como picobirnavirus, el cual es un virus implicado en las enfermedades entéricas en otros animales agrícolas, y un calicivirus, el cual es un tipo de virus a menudo asociado con las enfermedades entéricas en los seres humanos.

En estudios previos, Zsak y Day usaron la metagenómica para identificar y analizar por primera vez el genoma entero de un parvovirus novedoso de la ave de corral. También desarrollaron una prueba basada en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) que es muy sensible y específica en la detección de virus en las aves.

Lea más sobre esta investigación en la revista "Agricultural Research" de abril del 2012.